Можжевельник казацкий представляет собой двудомный стелющийся кустарник высотой до 1,2 метра, быстро разрастающийся и образующий плотные заросли. Иногда он растет в виде дерева с изогнутым стволом и красно-коричневой отслаивающейся корой, достигая в высоту 4 м. Ядовитые побеги растения содержат эфирное масло. Хвоя у можжевельника казацкого двух типов: игловидная, мягкая, заостренная, прямостоячая, синевато-зеленая, длиной 4-6 мм, с явной срединной жилкой на растущих в тени побегах молодых растений и черепитчато расположенная чешуевидная на взрослых можжевельниках.